Diferente do programa Microbacias 1, o foco do Microbacias 2 promove o incentivo à comercialização da produção agrícola. De iniciativa do Executivo paulista, o projeto é parcialmente financiado pelo Banco Mundial e será executado pela Secretaria da Agricultura e Abastecimento (por intermédio da Coordenadoria de Assistência Técnica Integral " Cati), e da Secretaria do Meio Ambiente, por intermédio da Coordenadoria de Biodiversidade e Recursos Naturais (CBRN) e conta com verba de 130 milhões de dólares. O Estado tem cinco anos para efetivar a execução do projeto onde, segundo João Brunelli Júnior, gerente técnico da Cati, na primeira lista de chamada de beneficiados serão atendidas 25 associações ou cooperativas de agricultores.